一、竣工验收、竣工结算阶段应注意搜集、保存的证据有：
1、发承包双方关于催促验收、结算的往来文件资料：
施工进入收尾阶段，存在部分发包人刻意拖延验收，导致承包人额外增加费用投入的情形，对此，承包人可有意识地定期向发包人送达催促验收文件，发送途径包括邮件、邮寄等形式，目的在于证明发包人的可以拖延行为给承包人造成的实际损失，且项目无法验收的责任在发包人。
2、竣工验收资料、竣工结算报告：
此组证据为整个施工过程中的必经阶段，若因承包人无法在约定期间内提供满足合同要求的资料，发包人是有权利拒绝验收、结算的，因此，承包人需重视过程收尾工作，按合同约定及要求及时提供上述资料，并注意保存已送达至发包人的证据。
二、在索赔过程中需注意的问题：
（一）证据与主张相对应问题。
根据法律规定，原告需就其主张的事实提供证据加以证明。在涉及到建设工程施工合同纠纷索赔时，一般是发包人以各种理由拒不支付工程款，致使承包人不得不寻求法律途径解决。因此作为原告，首先要明确索赔的内容，即主张的事实，其次需要用充足的证据去证明其实际发生。在此，要求从书写起诉状时就应注意待证事实与证据的严格对应关系，切忌堆砌大量相关、不相关的证据，认为以量取胜或趁机搅乱法官思路，从而支持其主张。如诉讼过程中出现上述情形，法官会以所举证据无法证明待证事实而全盘否认，结果得不偿失。
（二）证据形式问题。
这里的证据形式主要是指证据原件问题。施工过程中，难免会出现因保管不善而丢失原件、发包人起初就未提供文件原件或者原件已作为竣工验收、结算资料上报发包人等情况，上述情况的出现会使承包人在诉讼过程中存在一定的举证难度。根据法律规定，作为原告，不仅应当就其主张的事实承担举证责任，还应当提供证据原件，以证明其真实性。
解决证据原件的方法包括且不限于以下几种：
1、证据原件保存在第三方的情形：若非禁止调阅，则可委托代理人前往调取；若禁止调阅，但该证据与待证事实密切关联，则可利用证据规则，申请法院依职权调取；
2、证据保存在被告处的情形：依据证据规则及诉讼程序，申请法院要求被告提供。对于原告无法提供原件的证据，被告在不予认可的前提下无法提供证据加以证实，则应认定原告主张的事实；
3、确无原件的情形：对于诉讼过程中，确实由于客观原因无法提供证据原件，法官也不会一概不予认可，而是会结合其他证据综合考虑，是否能够证明待证事实、证据之间是否具有连贯性等。