孙某订购旅行套餐中的航班计划性取消，并非该航班自始不存在，两被告并未故意虚构航班信息致使孙某作出错误的意思表示。故两被告的行为对原告不构成欺诈。

依法成立的合同对当事人双方具有约束力。当事人协商一致可以对合同进行变更；当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

法院认为孙某通过某旅游网订购自由行套餐，某旅游网工作人员通过电话告知孙某航班变更，属于对双方合同内容的变更。但在双方通电话后某旅游网未在其网站上向孙某发送变更后的订单由孙某进行确认，也未发送手机短信由孙某进行确认。

双方在签订合同时采用了网站签约的方式，而某旅游网在变更合同时并未通过网站进行。况且，在银行、通讯公司的服务号码容易被垃圾短信、诈骗短信轻易冒用的今天，手机短信的单方面通知难以被理解为一种可以变更双方书面合同的方式。

孙某一行人抵达机场这一事实也证明双方沟通不到位，某旅游网也未能举证证明其更改出行人员的行程安排得到了孙某的同意，故不能认定双方就合同变更达成一致意见。

关于原告的损失数额。原告因被告的违约行为另行购买的机票、支付酒店住宿费用，合计12909元，应当由被告赔偿。

关于原告方出行人员之一行程取消后，退订机被扣除手续费300元。本院认为，原告作为被委托人，应当做好充分的准备后再决定订购相应的旅行套餐。原告第一次订购的自由行套餐，即使被告未变更航班时间，团签签注用户也无法使用自由行套餐。对此，原告自身存在过错，故被扣除手续费300元应当由原告自行承担。

关于原告主张交通费、电话费，其未提供证据予以证实，本院不予支持。

最后判决某知名旅游网公司南京分公司赔偿孙某各项损失合计12909元，某旅游网公司承担连带责任，并驳回了孙某其他诉讼请求。